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地方政府和当地医院对使用基本药物缺乏热情，这在基本药物制度设计之初就有人担心，而补偿机制问题一直是人们担忧的核心所在。
一年过去，这种忧虑并未减轻。相反，随着基本药物制度覆盖面的扩大，试点地区逐步由基础条件较好的地区向相对薄弱的地区扩展，这种担忧可能会不断被现实所验证，相关配套补偿机制的完善也就显得日益迫切。
“隐性”缺口仍巨大
过去，药品从生产厂商到销售终端要经过众多中间环节层层加价。进入销售终端医院之后，国家允许医疗机构在购进价基础上加价15%销售给患者。实施基本药物制度后，在基层医疗机构中取消药品加成，实行零差率销售，利润部分由政府给予补贴。因此15%也被当作财政补偿的依据。
但是，在实际运行中，基层医疗卫生机构用以支撑正常运转的药品加成所得，远非15%这样一个单纯、清晰的比例。
根据卫生部此前的调研发现，乡、村两级的药品采购和县以上医疗机构走的是两套体系，前者渠道很多，往往能把药价压得较低，因而其实际的药品加成率普遍超过40%，有的甚至达到100%。
按照基本药物制度实施方案，实施该项制度的基层医疗机构只能获得15%的财政补偿，这意味着其药品收入将损失大半。
在实现了乡村医疗机构一体化管理的江苏省徐州市，一位乡村医生告诉记者，他一年的药品和医疗器械采购额约为3万元，如果按照15%算，可以从镇卫生院拿到4000多元的药品差价补贴。另外几千元的“三费”（号诊费、治疗费、出诊费）收入，是他的主要收入来源。“一年一万多元，大大低于教师的收入。”
在南方沿海某省农村卫生服务站，一位女医生告诉记者，实施基本药物制度之后，医务人员的收入主要依靠政府拨款，“医生每月1500元，护士每月1200元”。而在当地，因为地处城乡结合部，普通劳动力收入早已经是2000元到3000元了。
医生收入远低于普通劳动力，医务人员的积极性如何调动？当地药品经销人员告诉记者，基层医生护士情绪比较大，他们大多数在等待政策调整，也有的在偷偷地卖非基本药物，还有与配送商协商返利的。目前，虽然基本药物配送商需要经过统一遴选，货款结算也是由新农合统一支付，但从哪家配送商要定单，仍是农村卫生服务站说了算。在个别地区存在这样的情况：谁给服务站的返利高，谁就能获得更多定单。
记者在东部几个省份调查发现，类似的情况并非个例。补偿机制的滞后，不仅会拖慢制度本身的建设进程，还可能使已经实施基本药物制度的基层医疗机构“另想别的办法”，造成反弹。
市县财政补偿难
据记者了解，对基本药物制度的补偿机制，各地进行了多种探索。
安徽省开展的以实施基本药物制度为突破口的基层医药卫生体制综合改革，已经在试点地区取得阶段性成果，今年将覆盖全省。内蒙古自治区则在该区全面实施公共卫生与基层医疗卫生事业单位绩效工资制度，并重点向公共卫生一线和条件艰苦的偏远农牧区倾斜。各地财政补偿政策也相继出台。
但是，补偿政策在执行中却又遇到实际困难。为确保制度顺利落地，江西省政府规定，基本药物制度实施在财政补偿环节中，中央拨款和省级财政负责60%，市县级财政负责40%。然而，在某些市县，由于地方财政补助不足，财政对于医院的补偿方案是按照用药金额的15%来补给医院，用多少，补多少。正是由于乡镇卫生院的补偿不到位，部分市县的基本药物制度实施正处于胶着状态。
这已是基本药物制度在全国推进过程中出现的普遍现象。专家普遍认为，对基本药物制度的财政补偿，省级财政尚可承受，但我国不少县级财政一直是“吃饭财政”，有的贫困县甚至是“喝粥财政”，要拿出这笔不菲的投入，困难实在不小。因此，更多符合地方实际的基层医疗机构补偿方法迫切需要作进一步探索。
多方探索综合补偿
对于目前制度实施所面临的问题，卫生部药政司司长郑宏表示，由于国家在部委这个层面没有统一的指导文件，各地只能根据自己的情况提出一些要求。下一个阶段应该加强各部门的合作，出台保证制度实施的相关政策性文件，探索多种渠道的综合补偿措施。
社保部门被期待发挥更大的作用。在制度运行之初，一些地方因为苦于财政紧张，曾经直接动用社保基金补偿基本药物零差率之后的损失，引起广泛的争议。
7月7日，人力资源和社会保障部专门下发通知，要求医保基金必须专款专用，切实用于保障参保人员的基本医疗需求。各地要通过购买服务的方式大力支持基层医疗卫生机构改革，促进基本药物制度的建立和实施，但不得改变医保基金的性质和用途，不得用医保基金直接补助或变相补助医疗机构实行药品零差率后减少的收入。
人保部社保中心医药服务管理处有关负责人表示，社保愿意出资金，但是需要通过购买服务的方式。通过医保体系与医疗机构结算，改革门诊病人付费方式，这样，医院和医生的收入应该会有更好的保障。
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